Lo spettacolo è ambientato a Brooklyn, in una scuola parrocchiale, nel 1964. L’assassinio di Kennedy ha ferito il senso di sicurezza della nazione e il Concilio Vaticano II ha ridefinito i rapporti fra clero e fedeli. Suor Aloysius, la direttrice, è una anziana suora dalle caratteristiche quasi caricaturali: è arcigna, concreta e spaventata dagli allievi. Inciampa sulle tendenze più gentili di una docile insegnante, Suor James, che vorrebbe relazionarsi con i propri studenti, piuttosto che imporre delle regole. Fra di loro si immette la figura di Padre Flynn, un carismatico prete in stile Concilio Vaticano II. Egli sta portando una nuova e più umana sembianza alla scuola: ha dei modi seducenti,è di bell’aspetto e vuole essere come i suoi fedeli, una parte della loro famiglia. Il suo modo di fare e di pensare gli causeranno molti problemi ma, soprattutto, accuse scottanti, come quella di pedofilia...